Într-o publicaţie din 1923 se menţionează că Varniţa este un sat foarte vechi şi primele date rămase de la el sunt din anul 1700. Informaţia este prezentă într-o ediţie enciclopedică din 1970, unde se afirmă: „Primele ştiri despre Varniţa datează din 1700”. Această datare, evident, nu are suport documentar de epocă, şi este bazată pe informaţia, prezentă într-un şir de publicaţii, despre aflarea în preajma cetăţii Tighina, apoi la Varniţa a regelui suedez Carol al XII-lea, refugiat aici în 1709, după ce a fost înfrânt de Petru I în bătălia de la Poltava.
Elaborând un îndreptar bibliografic privind localităţile Moldovei, cercetătorul Vladimir Nicu a stabilit o nouă atestare documentară a satului Varniţa: 15 ianuarie 1560, care va constitui obiectul atenţiei noastre în cele ce urmează.
Satul Varniţa este menţionat documentar pentru prima oară la 15 ianuarie 1560 într-un firman (ordin emis de sultan), prin care sultanul Soliman Magnificul îi comunica lui Hasan, sangeacbei (unitate administrativ-militară în Cadrul Imperiului Otoman) de Akkerman, că Alexandru Lăpuşneanu, voievodul Moldovei, a făcut cunoscut Porţii printr-o scrisoare despre următoarele: „Nişte bandiţi au transformat satul Varniţa (Varnigea) din apropierea Benderului într-un cuib al lor. Aceştia, făcându-şi părtaşi dintre locuitorii satului, dintre greci şi moldoveni, întreprind adesea incursiuni în vilaietul (provincie din Imperiul Otoman) său, furând vitele raialelor tributare, omorând oameni şi pricinuind diverse pagube”.
Din acest document reiese că satul Varniţa exista deja la 1560. Să fi luat el fiinţă imediat după ocuparea Tighinei de către turci, în 1538, şi oamenii aduşi să muncească la extragerea pietrei pentru construcţia cetăţii din cariera deschisă în zona actualului sat Varniţa s-au statornicit aici pentru totdeauna? Dar poate mai înainte de anul 1538? Rămâne o enigmă.
Denumirea satului figurează şi într-un alt firman, eliberat în acelaşi an, la 4 aprilie, de cancelaria sultanului, prin care Soliman îl punea la curent pe acelaşi Hasan că Alexandru Lăpuşneanu i-a semnalat despre existenţa unor cete de „răufăcători şi tâlhari” în câteva localităţi dependente de cetatea Bender: „se aminteşte anume de atacul asupra numiţilor creştini din satul Varniţei (Varnidj) şi Djiner Simion, Petre şi Boşco din ţinutul Bender, care, apropiindu-se de hotar, au furat vitele aparţinând surorii voievodului”.
Aşadar, istoria satului Varniţa începe din anul 1560, de la prima sa menţiune documentară, când localitatea, inclusă în componenţa raialei Bender, se afla sub stăpânirea turcilor.